MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis F/SotonF3 plasmid pSotonF3

Total Repeats: 150

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020988	TATCT	2	10	241	250	20 %	60 %	0 %	20 %	478474761
2	NC_020988	A	6	6	257	262	100 %	0 %	0 %	0 %	478474761
3	NC_020988	GTT	2	6	396	401	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474761
4	NC_020988	AT	3	6	476	481	50 %	50 %	0 %	0 %	478474761
5	NC_020988	T	6	6	522	527	0 %	100 %	0 %	0 %	478474761
6	NC_020988	T	8	8	580	587	0 %	100 %	0 %	0 %	478474761
7	NC_020988	ATTG	2	8	632	639	25 %	50 %	25 %	0 %	478474761
8	NC_020988	T	6	6	693	698	0 %	100 %	0 %	0 %	478474761
9	NC_020988	A	7	7	726	732	100 %	0 %	0 %	0 %	478474761
10	NC_020988	AAC	2	6	851	856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474761
11	NC_020988	GT	4	8	1018	1025	0 %	50 %	50 %	0 %	478474761
12	NC_020988	TCT	2	6	1147	1152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474762
13	NC_020988	TCT	2	6	1164	1169	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474762
14	NC_020988	ATC	2	6	1194	1199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474762
15	NC_020988	GA	3	6	1333	1338	50 %	0 %	50 %	0 %	478474762
16	NC_020988	CCA	2	6	1363	1368	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478474762
17	NC_020988	TAA	2	6	1456	1461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474762
18	NC_020988	TCTG	2	8	1470	1477	0 %	50 %	25 %	25 %	478474762
19	NC_020988	GAAA	2	8	1496	1503	75 %	0 %	25 %	0 %	478474762
20	NC_020988	TTG	2	6	1511	1516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474762
21	NC_020988	CCT	2	6	1566	1571	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478474762
22	NC_020988	T	8	8	1612	1619	0 %	100 %	0 %	0 %	478474762
23	NC_020988	AGGA	2	8	1629	1636	50 %	0 %	50 %	0 %	478474762
24	NC_020988	A	6	6	1688	1693	100 %	0 %	0 %	0 %	478474762
25	NC_020988	TGC	2	6	1784	1789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478474762
26	NC_020988	AAG	2	6	1816	1821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474762
27	NC_020988	T	6	6	1838	1843	0 %	100 %	0 %	0 %	478474762
28	NC_020988	GATTA	2	10	1856	1865	40 %	40 %	20 %	0 %	478474762
29	NC_020988	A	6	6	1932	1937	100 %	0 %	0 %	0 %	478474762
30	NC_020988	TGTT	2	8	1962	1969	0 %	75 %	25 %	0 %	478474762
31	NC_020988	ATA	2	6	1989	1994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474762
32	NC_020988	TGC	2	6	2097	2102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478474762
33	NC_020988	GTT	2	6	2274	2279	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474763
34	NC_020988	TCA	2	6	2355	2360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474763
35	NC_020988	GCG	2	6	2442	2447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478474763
36	NC_020988	ATG	2	6	2492	2497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474763
37	NC_020988	GAT	2	6	2545	2550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474763
38	NC_020988	GT	3	6	2557	2562	0 %	50 %	50 %	0 %	478474763
39	NC_020988	GAA	2	6	2569	2574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474763
40	NC_020988	AT	3	6	2732	2737	50 %	50 %	0 %	0 %	478474763
41	NC_020988	A	8	8	2772	2779	100 %	0 %	0 %	0 %	478474763
42	NC_020988	TTCT	2	8	2808	2815	0 %	75 %	0 %	25 %	478474763
43	NC_020988	TGA	2	6	2847	2852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474763
44	NC_020988	AGC	2	6	2892	2897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474763
45	NC_020988	TTG	2	6	3008	3013	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474763
46	NC_020988	ATT	2	6	3019	3024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474763
47	NC_020988	TC	3	6	3069	3074	0 %	50 %	0 %	50 %	478474763
48	NC_020988	AGA	2	6	3078	3083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474763
49	NC_020988	ATT	2	6	3084	3089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474763
50	NC_020988	AGA	2	6	3096	3101	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474763
51	NC_020988	CTTAA	2	10	3160	3169	40 %	40 %	0 %	20 %	478474763
52	NC_020988	AGA	2	6	3198	3203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474763
53	NC_020988	AT	3	6	3284	3289	50 %	50 %	0 %	0 %	478474763
54	NC_020988	GTTT	2	8	3334	3341	0 %	75 %	25 %	0 %	478474763
55	NC_020988	AGGA	2	8	3454	3461	50 %	0 %	50 %	0 %	478474763
56	NC_020988	TCT	2	6	3466	3471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474763
57	NC_020988	A	6	6	3565	3570	100 %	0 %	0 %	0 %	478474763
58	NC_020988	TCA	2	6	3598	3603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474764
59	NC_020988	GAA	2	6	3637	3642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474764
60	NC_020988	TTTC	2	8	3714	3721	0 %	75 %	0 %	25 %	478474764
61	NC_020988	AGC	2	6	3740	3745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474764
62	NC_020988	GTT	2	6	3795	3800	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474764
63	NC_020988	GGAT	2	8	3834	3841	25 %	25 %	50 %	0 %	478474764
64	NC_020988	AAG	2	6	3934	3939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474764
65	NC_020988	TAG	2	6	4030	4035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474764
66	NC_020988	GAA	2	6	4098	4103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474764
67	NC_020988	ATATAG	2	12	4105	4116	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478474764
68	NC_020988	CAC	2	6	4135	4140	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478474764
69	NC_020988	CAG	2	6	4303	4308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474764
70	NC_020988	TTA	2	6	4362	4367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474764
71	NC_020988	AACGTT	2	12	4368	4379	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478474764
72	NC_020988	AT	3	6	4391	4396	50 %	50 %	0 %	0 %	478474764
73	NC_020988	A	7	7	4434	4440	100 %	0 %	0 %	0 %	478474764
74	NC_020988	AGA	2	6	4497	4502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474764
75	NC_020988	TTC	2	6	4523	4528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474764
76	NC_020988	CT	3	6	4533	4538	0 %	50 %	0 %	50 %	478474764
77	NC_020988	A	6	6	4539	4544	100 %	0 %	0 %	0 %	478474764
78	NC_020988	TAAA	2	8	4558	4565	75 %	25 %	0 %	0 %	478474764
79	NC_020988	GAA	2	6	4575	4580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474764
80	NC_020988	ATTA	2	8	4620	4627	50 %	50 %	0 %	0 %	478474764
81	NC_020988	ATA	2	6	4742	4747	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474765
82	NC_020988	AAT	2	6	4788	4793	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474765
83	NC_020988	ACA	2	6	4801	4806	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474765
84	NC_020988	AAT	2	6	4864	4869	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474765
85	NC_020988	TCA	2	6	4870	4875	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474765
86	NC_020988	TTG	2	6	4976	4981	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474765
87	NC_020988	TTG	2	6	5035	5040	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474765
88	NC_020988	AAC	2	6	5050	5055	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474765
89	NC_020988	TAA	2	6	5067	5072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474765
90	NC_020988	AGG	2	6	5121	5126	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478474765
91	NC_020988	CAG	2	6	5186	5191	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474765
92	NC_020988	ATT	2	6	5194	5199	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474765
93	NC_020988	GGC	2	6	5215	5220	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478474765
94	NC_020988	GTT	2	6	5221	5226	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474765
95	NC_020988	TCA	2	6	5281	5286	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474765
96	NC_020988	T	6	6	5451	5456	0 %	100 %	0 %	0 %	478474765
97	NC_020988	CAAA	2	8	5470	5477	75 %	0 %	0 %	25 %	478474765
98	NC_020988	AAAAG	2	10	5563	5572	80 %	0 %	20 %	0 %	478474766
99	NC_020988	TTA	2	6	5585	5590	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474766
100	NC_020988	A	6	6	5608	5613	100 %	0 %	0 %	0 %	478474766
101	NC_020988	CAA	2	6	5725	5730	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474766
102	NC_020988	ATT	2	6	5748	5753	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474766
103	NC_020988	A	6	6	5802	5807	100 %	0 %	0 %	0 %	478474766
104	NC_020988	T	6	6	5903	5908	0 %	100 %	0 %	0 %	478474767
105	NC_020988	GGA	2	6	5920	5925	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478474767
106	NC_020988	ACA	2	6	5935	5940	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474767
107	NC_020988	A	6	6	5983	5988	100 %	0 %	0 %	0 %	478474767
108	NC_020988	TCT	2	6	6025	6030	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474767
109	NC_020988	ATCA	2	8	6102	6109	50 %	25 %	0 %	25 %	478474767
110	NC_020988	A	7	7	6120	6126	100 %	0 %	0 %	0 %	478474767
111	NC_020988	CAT	2	6	6149	6154	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474767
112	NC_020988	AAC	2	6	6202	6207	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474767
113	NC_020988	ATA	2	6	6256	6261	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474767
114	NC_020988	CCTAG	2	10	6271	6280	20 %	20 %	20 %	40 %	478474767
115	NC_020988	AAG	2	6	6293	6298	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474767
116	NC_020988	TTG	2	6	6302	6307	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474767
117	NC_020988	AATT	2	8	6317	6324	50 %	50 %	0 %	0 %	478474767
118	NC_020988	TTCTA	2	10	6348	6357	20 %	60 %	0 %	20 %	478474767
119	NC_020988	TCGG	2	8	6388	6395	0 %	25 %	50 %	25 %	478474767
120	NC_020988	GAA	3	9	6403	6411	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474767
121	NC_020988	GAT	2	6	6442	6447	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474767
122	NC_020988	TA	3	6	6469	6474	50 %	50 %	0 %	0 %	478474767
123	NC_020988	T	6	6	6506	6511	0 %	100 %	0 %	0 %	478474767
124	NC_020988	CAA	2	6	6512	6517	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474767
125	NC_020988	TCG	2	6	6522	6527	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478474767
126	NC_020988	TC	3	6	6535	6540	0 %	50 %	0 %	50 %	478474767
127	NC_020988	TCT	2	6	6549	6554	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474767
128	NC_020988	AGA	2	6	6558	6563	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474767
129	NC_020988	AGA	2	6	6600	6605	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474767
130	NC_020988	A	7	7	6692	6698	100 %	0 %	0 %	0 %	478474768
131	NC_020988	T	6	6	6711	6716	0 %	100 %	0 %	0 %	478474768
132	NC_020988	A	8	8	6717	6724	100 %	0 %	0 %	0 %	478474768
133	NC_020988	AAG	2	6	6750	6755	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474768
134	NC_020988	ATT	2	6	6821	6826	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474768
135	NC_020988	GAA	2	6	6855	6860	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474768
136	NC_020988	AAG	2	6	6868	6873	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474768
137	NC_020988	CTT	2	6	6933	6938	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474768
138	NC_020988	A	6	6	6946	6951	100 %	0 %	0 %	0 %	478474768
139	NC_020988	CAA	2	6	6994	6999	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474768
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141	NC_020988	TCT	2	6	7038	7043	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474768
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143	NC_020988	AT	3	6	7136	7141	50 %	50 %	0 %	0 %	478474768
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.